Los cortados del Jarama, Manzanares y Henares, constituyen uno de los paisajes más singulares. Además de su valor estético y paisajístico en sus paredes anidan  algunas de las especies más emblemáticas del Parque. 

Pero los cantiles son el resultado de un largo proceso geológico que se inició hace unos 30 millones de años con el levantamiento del Sistema Central, la Cordillera Ibérica y los Montes de Toledo. Estos movimientos orogénicos terminaron creando una gran cuenca cerrada y sin salida al mar: una extensa depresión endorréica que fue atrayendo las aguas de sus vertientes, cada vez más cargadas de sedimentos aportados por la intensa erosión que, inmediatamente, se instaló en los nuevos relieves periféricos. Dada la ausencia de otra salida de la cuenca que la evaporación, en su parte más baja se formaron amplias lagunas cuyas aguas se iban salinizando progresivamente por acumulación y concentración de sustancias solubles arrastradas desde las laderas. La sedimentación de estas sales es el origen de las rocas actuales, fundamentalmente yesos, algunos de los cuales forman hoy los frágiles paredones que adornan los flancos del Jarama.

Hace tan sólo unos dos millones de años, debido a razones más o menos complejas, uno de los ríos atlánticos se abrió un camino de salida entre la cuenca y el Océano Atlántico, desarrollándose una red fluvial de drenaje de la región. Dado que los rellenos de la cuenca se situaban a unos ochocientos metros de altitud sobre el nivel marino, se originó una importante actividad erosiva por parte de los ríos que enlazaban ambos ambientes. de esta manera los actuales cortados fueron definiéndose al labrarse incisiones profundas en los antiguos sedimentos salinos. Los mismos ríos ampliaron sus valles y con su acarreo de materiales, construyeron los perfiles de las vegas que iban creando.

Uno de estos ríos, el Jarama, creó las condiciones morfológicas para que, sobre un sustrato poco agraciado, la vida se asentara y constituyera un fértil valle lineal que unía las altas tierras orientales del Sistema Central, con los plácidos valles del Tajo.
 
 
 

Restos paleontológicos

Los más importantes corresponden al Cuaternario: La Aldehuela, Cerro de la Herradura (Rivas-Vaciamadrid), el del río Manzanares, el de Mejorada del campo, Perales del Río, San Martín de la Vega y el yacimiento de Arganda. 

Los más destacados, según el mapa del I.T.G.E., 1989, son el de La Aldehuela y el Arenero en Arganda. En el primero se han identificado abundantes restos de fauna del Pleistoceno superior (Mammuthus primigenius, Coleodonta antiqutatis, Equus caballus) situados en las proximidades del antiguo monasterio de La Aldehuela, en los depósitos del arroyo Culebro y encajados en una terraza mesopleistocena del Manzanares . El yacimiento del Arenero se caracteriza por el elevado número de especies encontradas, más de treinta, entre las que destacan la Anguilla anguilla, Esox lucius, Barbutus sp., y mamíferos de gran tamaño como Elephas antiquos, Cervus elaphus, Bovidae inditel.

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Singularidades geológicas (según el Plan de Ordenación de los Recursos Naturales)

Por su interés científico, pedagógico o divulgativo, algunas áreas son de interés oficial:

La riqueza cultural de la zona es muy importante, en yacimientos paleontológicos y arqueológicos. Amplias zonas de del Parque están especialmente protegidas por este motivo (las nuevas graveras que pretendan implantarse en suelos autorizados necesitaran que previamente se confirme, mediante sondeos, que no se afectarán bienes culturales). La destrucción y el expolio de este tipo de yacimientos es todavía muy importante. Muchos de estos restos se pierden u ocultan cuando aparecen en las labores mineras.