El territorio del Parque ocupa una amplia extensión de 31.550 Has. y 16 municipios. El área afectada no tiene, sin embargo, un tratamiento uniforme en cuanto a los niveles de protección. Las agresiones ambientales que ha soportado la zona, junto con la necesidad de ordenar las actividades, han obligado a un tratamiento diverso de cada paraje significativo. La Ley 6/94, por la que se creó el Parque del Sureste, establece 6 “zonas” o niveles de protección.
Reúnen las zonas más emblemáticas del Parque y, en algunos casos, las mejor conservadas.
Parajes más destacados: Lagunas El Porcal Norte, Arriadas, cantiles y cortados de Rivas, La Marañosa,...
Limitaciones: Sólo están permitidas las actividades que se orienten directamente a la conservación del equilibrio natural. Se prohíbe el acceso de vehículos, la acampada, los movimientos de tierra,...
Son aquellos espacios que han sido poco modificados o que la explotación actual de recursos naturales ha potenciado la existencia de ecosistemas o formaciones que merecen ser objeto de protección y restauración.
Parajes más destacados: sotos y riberas del Jarama, Manzanares y Henares; masas forestales de la Marañosa, Carrascal de Arganda, laguna El Soto de Velilla, zonas de asentamiento de avutardas,...
Limitaciones: Estas Áreas están sujetas a prohibiciones similares a las zonas A, pero se permiten, y se fomentarían, actividades agrícolas y educativas que no tengan fuerte impacto sobre las aguas,...
ZONAS C "DEGRADADAS A REGENERAR"
Corresponde a territorios que han sufrido explotaciones intensivas de sus recursos naturales, pero que presentan condiciones favorables para su recuperación. Algunas de estas zonas son en la prácticas espacios de protección de Zonas A y B.
Parajes más destacados: Cerros de Rivas, meandro de Velilla, Aldovea, El Espartal, Valdelacueva, La Guindalera,...
Limitaciones: Las prohibiciones de usos son notablemente menores que en los casos anteriores, en algunos supuestos deberán contar con la autorización expresa de la Administración del Parque,...
ZONAS D "EXPLOTACIÓN ORDENADA DE LOS RECURSOS NATURALES"
Lo forman aquellas áreas en las que las actividades principales están relacionadas con la explotación de recursos hídricos, mineros y forestales. La ordenación de estas actividades se establece en el Plan de Ordenación y en el futuro Plan de Uso y Gestión. En estas Zonas se concentrará la extracción de áridos, si bien estará sometida a controles y procedimientos rigurosos que eviten el descontrol, abusos y daños que produce actualmente.
En las Zonas D se agrupan las áreas de agricultura de secano y regadío, así como grandes zonas de extracción de áridos
En esta denominación caben numerosos territorios con usos y destinos muy diversos, desde la actual incineradora de Valdemingómez (no deja de ser una infraestructura dedicada al tratamiento de residuos) hasta las zonas recuperadas para el ocio, algunas con una aceptación social muy importante (Laguna de Las Madres)
ZONAS F "PERIFÉRICA DE PROTECCIÓN"
Corresponde a una amplia zona al Este de Velilla de San Antonio. El deterioro por actividades de áridos ha sido tan grande que la Ley 6/94 prevé un plan especial de restauración.